همچنین مطابق ماده ۹ آیین نامه اجرایی قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه مصوب ۶۵ «متولی امین موقوفه بوده و موظف است مطابق قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه و سایر قوانین و مقررات مربوطه و در صورت فقدان و یا ابهام مقررات خاص ، طبق احکام شرع و با عنایت کامل به مندرجات وقف نامه، موقوفه تحت تولیت خود را اداره کند و در حفظ عین(منافع) حقوق و حدود موقوفه اقدام و در اجرای نیات خیر واقف کوشش نماید.»
همچنین مطابق ماده ۷۸ قانون مدنی واقف می‌تواند بر متولی ناظر قرار دهد که اعمال متولی به تصویب یا اطلاع او باشد چنان که گذشت.
گفتار دوم: اداره موقوفه به وسیله سازمان اوقاف و امور خیریه
چنانچه گذشت اصولاً واقف در حین وقف نمودن مالی و مادامی که وقفنامه را تنظیم می‌کند شخصی را به عنوان متولی معین می‌کند که در صورت انجام چنین کاری موقوفه مذکور دارای متولی منصوص می‌باشد و اداره موقوفه بر عهده متولی تعیین شده خواهد بود. اما گاهی اوقات واقف شخص خاصی را به عنوان متولی معین نمیکند یا شخصی که حائز اوصاف مندرج در وقفنامه باشد وجود ندارد و مواردی از این قبیل که به هر دلیل موقوفه فاقد متولی می‌باشد اتفاق می افتد. در چنین حالتی باید بررسی شود که اداره موقوفه بر عهده چه شخص یا نهاد یا سازمانی می‌باشد.
امام خمینی (ره) میفرمایند : اگر واقف اصلاً کسی را برای تولیت وقف معین ننماید، در اوقاف عامه حاکم یا فرد منصوب از طرف حاکم، بر طبق نظر قوی تر ولایت وقف را بر عهده می گیرند و در اوقاف خاصه در خصوص آنچه راجع به مصلحت وقف و مراعات بطون و تعمیر و حفظ اصول و اجاره وقف برای بطون لاحقه است متولی حاکم است اما در مورد منفعت بردن و اصلاحات جزئی که حصول منفعت بر آن متوقف است مانند لایروبی انهار و نگهداری آن ، جمع محصول و تقسیم و امثال این ها متولی خود موقوف علیهم میباشند و اوقافی که سرپرستی آن مخصوص حاکم یا فرد منصوب از طرف حاکم باشد در صورت فقدان حاکم و منصوب او تولیت با مومنین عادل است.[۱۲۸]
مطابق ماده ۸۱۴ قانون مدنی(اصلاحی ۱۴/۸/۷۰) در اوقاف عامه که متولی معین نداشته باشد اداره موقوفه طبق نظر ولی فقیه خواهد بود. همچنین به موجب بند یک ماده یک قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه مصوب ۶۳ اداره امور موقوفات عام که فاقد متولی بوده یا مجهول التولیه است و موقوفات خاصه در صورتی که مصلحت وقف و بطون لاحقه و یا رفع اختلاف موقوف علیهم متوقف بر دخالت فقیه باشد به عهده سازمان اوقاف و امور خیریه واگذار گردیده است. بنابرین در سه مورد اخیرالذکر نامبرده شده در متن قانون، سازمان اوقاف و امور خیریه مجاز به اداره موقوفه بوده و اقدام و ابتکار عمل را در دست خواهد داشت که در چند بند مجزا به تشریح آن خواهیم پرداخت.
در خصوص مجاز بودن سازمان اوقاف و امور خیریه در خصوص اداره موقوفات مذکور مطابق تبصره یک ذیل ماده یک قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه سرپرست سازمان باید از طرف ولی فقیه، مجاز در تصدی اموری که متوقف بر اذن ولی فقیه است باشد که در همین رابطه حضرت آیت الله‌العظمی امام خمینی(ره) در مورخه ۲۵/۱۰/۶۳ اجازه تصدی اموری که مربوط به ولی فقیه است را در سازمان اوقاف و امورخیریه به نماینده خویش و سرپرست سازمان اوقاف و امورخیریه داده است و همچنین مقام معظم رهبری به موجب نامه شماره ۱۸۷۳۶/۱- ۲۳/۱/۷۶ اذن مذکور را در حدود موازین شرعی برای نماینده ولی فقیه و سرپرست سازمان اوقاف و امور خیریه صادر نموده‌اند[۱۲۹].
همچنین لازم به ذکر است که در مواردی که اداره موقوفه به حکم ولی فقیه یا قانون ، با سازمان اوقاف و امور خیریه می‌باشد کلیه وظایف و مسئولیت‌هایی که شخص متولی در خصوص امور موقوفه دارد بر عهده سازمان یا اداره اوقاف می‌باشد هر نوع تخلفی که در موقوفات غیر متصرفی موجب ممنوعیت یا عزل متولی می‌شود در خصوص موقوفه متصرفی نیز تخلف به شمار رفته و اداره ذیربط مسئول بوده و برابر مقررات با ایشان اقدام خواهد شد.[۱۳۰]
بند نخست: اداره موقوفات عام فاقد متولی
همان طور که در فصل اول گذشت موقوفه عام موقوفه‌ای است که در جهت و مصلحت عمومی و یا عناوین عامه باشد. مثل وقف بر مساجد، مدارس، فقرا، ایتام و غیره و منظور از موقوفه خاص موقوفه‌ای است که برای شخص یا اشخاص معین و محصور باشد مانند وقف بر اولاد.
مطابق قسمت اول بند ۱ ماده ۱ قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه، اداره موقوفات عام فاقد متولی بر عهده سازمان اوقاف بر عهده سازمان اوقاف و امور خیریه واگذار گردیده است. به عبارت دیگر اداره موقوفات عام که برای آن ها متولی تعیین نگردیده است و یا اوصافی برای تشخیص متولی در وقفنامه ذکر نگردیده که بتوان از روی آن ها متولی موقوفه را تشخیص داد موقوفه فاقد متولی بوده که اداره آن بر عهده سازمان اوقاف و امور خیریه واگذار شده است.
سوالی که در اینجا مطرح می‌شود این است که چنانچه موقوفه‌ای دارای متولی بوده است ولی متولی آن فوت گردیده است و یا اینکه به علت خیانت در موقوفه یا عدم انطباق با اوصاف مندرج در وقفنامه یا به هر علت دیگری عزل شده و یا ممنوع المداخله شده باشد وضعیت اداره موقوفه به چه صورت خواهد بود؟
در جواب این سوال باید گفت: که به چنین موقوفاتی « موقوفه در حکم موقوفه فاقد متولی» گفته می‌شود که در صورت عزل یا فوت متولی قبلی تا زمان تشخیص متولی بعدی و در صورت ممنوع المداخله شدن متولی قبلی تا زمان رفع ممنوعیت یا ضم امین اداره موقوفه بر عهده سازمان اوقاف و امور خیریه خواهد بود. این است که تبصره یک ماده ۴ قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه مقرر داشته است : « موقوفاتی که متولی آن عزل یا فوت می‌شود تا تشخیص متولی بعدی و موقوفاتی که متولی آن ها ممنوع المداخله می‌شود تا رفع ممنوعیت یا ضم امین در حکم موقوفه بدون متولی است. »و در مورد اداره آن ها حکم موقوفات فاقد متولی جاری می‌شود .
بند دوم : اداره موقوفات خاص فاقد متولی و مجهول التولیه
